Johann Jürgen Diedrich Pieper wird am 30. August 1840 als sechstes Kind von Claus Pieper und Anna Pieper in Hurrel geboren. Er ist der jüngere Bruder von Anna Margareta Lüschen, Johann Diedrich Pieper, Claus Heinrich Pieper, Hermann Diedrich Pieper und Metta Maria Jantzen und der ältere Bruder von Hermann Friedrich Pieper.
Am Tag von Johanns Geburt entsteht in Jever die erste freikirchliche Glaubens-Gemeinschaft Ostfrieslands. Ihre 19 Gründungsmitglieder bekennen sich zu den Grundsätzen des in Varel geborenen Baptisten-Predigers Johann Gerhard Oncken. Vergleichbare Gemeinden existieren bereits in Hamburg (seit 1834), Berlin und Oldenburg (jeweils seit 1837) sowie in Stuttgart (1838). Auch sie gehen auf die persönliche Initiative Onckens zurück, der als Jugendlicher mehrere Jahre als Gehilfe eines schottischen Kaufmanns in Großbritannien verbrachte und dort mit verschiedenen Erweckungsbewegungen in Berührung kam. Als überzeugter Christ nach Deutschland zurückgekehrt, hatte er Anfang 1825 im Hamburger Stadtteil St. Georg eine Sonntagsschule eröffnet und kurz darauf mit seinem missionarischen Wirken begonnen.
Onckens Überzeugung, die ihn schließlich zum Baptisten werden lässt: Als gläubiger Christ kann nur gelten, wer zum Zeitpunkt der Taufe fest an die Erlösung durch Jesus Christus glaubt und dies auch öffentlich bekennt. Die sowohl in der katholischen als auch in der lutherischen Kirche praktizierte Kindertaufe lehnen die zum neuen Glauben übergetretenen Gemeinden folglich ab – jede Mitgliedschaft beginnt entsprechend mit dieser symbolischen Zeremonie. In Oldenburg, wo sich 1837 als einer der Ersten der in Diensten von Großherzog Paul Friedrich August stehende Hofglaser Carl Weichardt taufen lässt, dient dazu die Hunte. Was nicht ohne Konfrontation mit der Obrigkeit bleibt: Mehrfach wird gegen Weichardt und seine Mitstreiter wegen „verbotener Konventikel-Bildung“ ermittelt. Kaum anders ergeht es den ostfriesischen Pionieren um Johann Ludwig Hinrichs und Anton Friedrich Remmers in Jever.
Trotz der Anfeindungen entstehen bald auch in der Wesermarsch sowie in Bremen erste Baptisten-Gemeinden. Ob es im direkten Einzugsgebiet der Kirchengemeinde Hude oder gar in Hurrel selbst Sympathien für die neue Glaubensrichtung gibt, liegt heute allerdings im Dunkeln. Dasselbe gilt für den Ort von Johanns Geburt: Sie einem der heute noch existierenden Höfe zuzuordnen, fällt nicht ganz leicht. Auf dem Hof von Inge Pflug an der Bremer Straße, der seit 1521 von insgesamt acht Generationen der Familie Pieper bewirtschaftet wurde, kommt es bereits 1783 durch Einheirat von Dierck Rüdebusch aus Vielstedt zu einem Namenswechsel. Also Fehlanzeige. Auch der direkt gegenüberliegende Hof von Gerd Schwarting am Drengort, der 1681 von Eylert Pieper – einem abgehenden Sohn des heutigen Pflug-Hofs – begründet wurde, scheint nicht so recht zu passen: Er ist seit 1828 im Besitz von Hermann Hartmann.
Der heutige Hof von Hildegard Gramberg am Hasenlager – bis 1838 im Besitz von Johann Hinrich Pieper – scheidet ebenfalls aus, so dass die Spur letztlich doch wieder auf den Schwarting-Hof zurückführt. Dieser wird nämlich ab 1793 von Johanns Großeltern Claus Pieper Senior und Anna Margarete Pieper bewirtschaftet. Nach der Geburt dreier Kinder – darunter Claus Junior – und dem frühen Tod von Johanns Großvater 1799 heiratet seine Großmutter 1803 ein zweites Mal, und zwar Harm Hinrich Hartmann aus Lintel.
Der jüngste Sohn aus dieser neuen Verbindung und spätere Hoferbe Hermann Hartmann ist somit ein Halbbruder von Johanns Vater Claus Pieper Junior, der laut Seelenregister von 1799 auf dem heutigen Schwarting-Hof aufwächst. Das beweist zwar noch nicht, dass dies auch für Johann und seine vier überlebenden Geschwister – die älteren Brüder Johann Diedrich und Hermann Diedrich sterben bereits 1832 beziehungsweise 1835 – zutrifft. Die Existenz gleich zweier Heuerhäuser legt jedoch nahe, dass Johanns Vater Claus Pieper Junior nach Schulabschluss und Heirat als Heuerling auf dem Betrieb seines Halbbruders Hermann Hartmann arbeitet.
Wie auch immer: Johann wächst in Hurrel auf und besucht vermutlich ab Frühjahr 1847 die gemeinsam mit dem Nachbardorf betriebene Volksschule in Lintel. Im April 1858 stirbt sein Vater, nur ein Jahr darauf Hermann Hartmann. Wahrscheinlich hat Johann zu diesem Zeitpunkt sein Elternhaus bereits verlassen. Der frühere Pieper-Hartmann-Hof wird daraufhin an Gerhard Schwarting aus Altmoorhausen verkauft, den Ur-Urgroßvater des heutigen Besitzers Gerd Schwarting.
Für die Nachwelt festgehaltene Spuren hinterlässt Johann erst wieder am 21. Juni 1874. An diesem Tag heiratet er in Brake Gesine Rogge aus Bürstel. Aus der Ehe gehen insgesamt vier Kinder hevor: Emma Catharina (März 1875), Friedrich August (Oktober 1876), Johann Hinrich (November 1878) und Anna Catharine (April 1882). Alle vier sind im ostfriesischen Dorf Berum bei Norden geboren, wo Johann nach der Hochzeit als Kutscher arbeitet.
Den Ruhestand verbringen Johann und Gesine in Ovelgönne, wo ihr Sohn Johann Hinrich im Ortsteil Logemannsdeich einen Bierverlag und später eine Gastwirtschaft betreibt. Dort stirbt Gesine im Januar 1924 an Altersschwäche. Johann folgt ihr am 11. Juli 1928, wenige Wochen vor seinem 88. Geburtstag. Beerdigt ist er fünf Tage später auf dem Friedhof der Martinskirche in Ovelgönne.